To Doリスト（兼備忘録、検討中のメモ） †
最優先論文 (1st author) †
- GWAS in the food-chain
担当分終了。実験による検証結果待ち- 最終追加解析と原稿の仕上げ中
- Relation between recombination and diversifying selection
last authorの確認終了。森本くん・小向くんと共同で、投稿完了- reviewに基づいて改訂中。サンプル数を増やして再解析中。
- Comparison of recombination landscapes among the 10 bacterial species
3人のreviewerのコメントに基づいて書き直した。last authorの確認中。- 再投稿前の最終確認中
ピロリ菌のゲノム解析新プロジェクト1 (ancestry) †
- 論文作成開始。ほぼ担当分は一段落。last authorとやりとりしながら形にしていく。
定期的にskype meetingし、解析を発展。そろそろ初稿の作成に入る。大分大学から頂いたデータを解析中2月のUK滞在中に定めた方向性で解析を進める
D1の森本くんの論文の方向性 †
M2の菊竹さんのプロジェクト †
- 癌細胞特異的なヒストン修飾の探索と、その遺伝子発現との関係
- KMT, KDMの観点から結果を説明できるか
- 7月中にエピゲノムの専門家にレビューを依頼
放射線科からのデータ解析依頼 †
荒木先生とまず3/24にヒアリング6/23に次回の打ち合わせデータシート整備中- 解析
開始一段落、7/18に荒木先生と打ち合わせ
Pseudomonas菌の追加解析 †
- フランス・UKのグループとの共同研究。
以前の解析に追加が必要
- 1次再解析終了
M2の米澤さんのプロジェクト †
- 投稿中
- バイオ統計フォーラム、環境感染学会で発表するためのpptの用意と練習
3月中旬に初稿を完成 => 共同研究者に報告し、臨床面での助言・指導を頂く => 英語校正 => 投稿
広島大・細菌学研究室「ゲノム支援」プロジェクト †
家族ピロリ菌の変異解析 †
- 千葉大からの依頼。1次解析終了。
- 2次データセットにも同様の解析が必要。
国立感染研プロジェクト †
- 感染症実用化研究事業 新興・再興感染症に対する革新的医薬品等開発推進研究事業 薬剤耐性菌サーベイランスとゲノムデータの集約・解析に関する研究
ピロリ菌のゲノム解析新プロジェクト2 (epistasis) †
- 定期的にskype meetingし、解析を発展。
2/6の議論に基づき、プログラムを開発中
授業準備 †
10/1セミナー準備 †
ピロリ菌のメチローム解析 †
コレラ菌のゲノム解析新プロジェクト †
- 長崎大からの依頼。6/15の打ち合わせ完了。以後は支援に回る。
ピロリ菌日本株28株のゲノム解析の共著論文 †
- 日本株を入れたコアのMaximum Likelihood ツリー。
- コアゲノムの、Chromosome painting解析。日本株成立で、遺伝子の流れのボトルネックがあったことを言う。
研究助成金申請 †
- 石橋
- 科研費、recombination hot regions
- その他、民間の助成（Campy & Hp GWAS。今後の科研費に向けた実績構築を目指して）
学会発表準備 †
- 統計連合大会 (生命医薬情報学連合大会)
- bootstrap、imputationのスライド追加
- 日本語化
- 進化学会、国際学会CHRO
- 細菌学会のpptをベースに。台詞を英語に置き換える。
ピロリ菌のゲノム解析新プロジェクト3 (GWAS) †
- 2/6の議論を念頭に入れておく。
- 欧州のデータが揃うのはまだ先。国内のデータ入手先を検討しておく
次世代シーケンサ関連 †
- MUGQIC Pipelinesのインストール・セットアップとCLCのテスト
- exome, RNA-seq, ChIP-Seq, BS-Seq
HLA-KIR †
- HLA statistics medicineで検索した文献
- 1000 genomesデータとの関係調査
- 学生さんのテーマの候補
- 病原細菌のゲノムワイド関連解析のヒトへの展開に絡めて
感染制御学講座からの依頼 †
- C型肝炎ウィルスの次世代シーケンサデータ解析
- 蓄尿環境を整備すると、どのような効果があったのかを調べるために、細菌学的に分離された分の集計
ヒトゲノム疫学 †
オフィスアワー †
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