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  • 101 (2015-10-05 (Mon) 18:15:57)
  • 102 (2015-10-05 (Mon) 22:06:52)
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  • 107 (2015-11-09 (Mon) 18:31:51)
  • 108 (2015-11-13 (Fri) 15:10:52)
  • 109 (2015-11-19 (Thu) 11:13:24)
  • 110 (2016-01-05 (Tue) 08:54:45)
  • 111 (2016-01-18 (Mon) 17:17:20)
  • 112 (2016-01-24 (Sun) 12:13:24)
  • 113 (2016-02-01 (Mon) 15:22:28)
  • 114 (2016-02-10 (Wed) 08:23:29)
  • 115 (2017-09-28 (Thu) 10:40:25)
  • 116 (2017-09-29 (Fri) 23:32:23)
  • 117 (2017-09-30 (Sat) 18:35:13)
  • 118 (2018-04-03 (Tue) 10:43:12)
  • 119 (2021-10-14 (Thu) 09:53:52)
  • 120 (2021-11-01 (Mon) 09:24:04)

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To Doリスト（兼備忘録、検討中のメモ） †

最優先論文 †

• Relation between recombination and diversifying selection
  • last authorの確認終了。森本くんと共同で、投稿まで進む。

• Comparison of recombination landscapes among the 10 bacterial species
  • 3人のreviewerのコメントに基づいて書き直し、再投稿

D1の森本くんの論文の方向性 †

M2の菊竹さんのプロジェクト †

• 癌細胞特異的なDNAメチル化とヒストン修飾の組み合わせ
• 癌細胞特異的なヒストン修飾の探索と、その遺伝子発現との関係

• 方向性、研究計画をパワーポイントにまとめた
• preliminary解析中
  • エピゲノムの専門家にレビューを依頼 (1度東京に出張? 菊竹さんとのディスカッションとあわせて)

1本の論文（進行中） †

• GWAS in the food-chain
  • 担当分終了。実験による検証結果待ち。

ピロリ菌のゲノム解析新プロジェクト2 (epistasis) †

• 2/6の議論に基づき、プログラムを開発中
• 学生さんと一緒に?

ピロリ菌のゲノム解析新プロジェクト1 (ancestry) †

• globetrotterによる追加解析が必要
• 大分大学、Swansea Univeristy、スウェーデンのグループとの共同研究
• 大分大学から頂いたデータを解析中
• 2月のUK滞在中に定めた方向性で解析を進める

ピロリ菌日本株28株のゲノム解析の共著論文 †

• 日本株を入れたコアのMaximum Likelihood ツリー。
• コアゲノムの、Chromosome painting解析。日本株成立で、

   遺伝子の流れのボトルネックがあったことを言う。
  （図としては、Painted chromosomeとCo-ancestry matrixとGenetic flux.)

• 中倉くんと?

授業準備 †

• 前回の講義（大学院）の改善
• 学部生演習の50分x2コマ化への対応

• 医学部「アカデミックリテラシー」準備

M2の米澤さんのプロジェクト †

• 投稿中
• 3月中旬に初稿を完成 => 共同研究者に報告し、臨床面での助言・指導を頂く => 英語校正 => 投稿

研究助成金申請 †

• 石橋
  • 科研費、recombination hot regions

• その他、民間の助成（Campy & Hp GWAS。今後の科研費に向けた実績構築を目指して）
  • 武田（申請済）
  • 黒住財団
  • 内藤

ピロリ菌のゲノム解析新プロジェクト3 (GWAS) †

• 2/6の議論を念頭に入れておく。
• 欧州のデータが揃うのはまだ先。国内のデータ入手先を検討しておく

学会発表準備 †

• 統計連合大会、生命医薬情報学連合大会
  • 方法論のスライド追加
  • センター内セミナーでも?

• 国際学会CHRO
  • 細菌学会のppt。台詞を英語に置き換える。

喘息の肺音解析プロジェクト †

次世代シーケンサ関連 †

• MUGQIC Pipelinesのインストール・セットアップとCLCのテスト
  • サンプルデータ・論文を再現
  • M1の人と?

• exome, RNA-seq, ChIP-Seq, BS-Seq

国立感染研からの研究協力依頼 †

• JANIS検査部門データ解析

• 感染症実用化研究事業 新興・再興感染症に対する革新的医薬品等開発推進研究事業 薬剤耐性菌サーベイランスとゲノムデータの集約・解析に関する研究

放射線科からのデータ解析依頼 †

• 荒木先生とまず3/24にヒアリング
• データシート整備中

ヒトゲノム疫学 †

• 理研

HLA-KIR †

• HLA statistics medicineで検索した文献

• 1000 genomesデータとの関係調査
  • 学生さんのテーマの候補
  • 病原細菌のゲノムワイド関連解析のヒトへの展開に絡めて

ピロリ菌のメチローム解析 †

• 将来のテーマに残しておいても良い

ピロリ菌のpan-genome †

• analysis by omegaMap

九大生体防御医学研セミナー †

• 集団レベルのゲノムデータをどう生かすか：病原細菌のゲノムワイド関連解析と遺伝子フローを例に

• 私と生医研の関わり：林先生

• 東大GCOE (human)

• 集団レベルのゲノムデータ解析の走り：マイクロアレイデータ解析

• バイオ統計フォーラムのイントロ（集団レベルの全ゲノムデータ）

• human vs Modernizing medical microbiology

• オリジナルな研究を育て、国際経験を積むのを最優先課題に、病原細菌を使った研究をまずは発展。

• association mapping
• MBE 2013 (PaaboのNature, Science paperを引用して。あらゆる集団レベルのゲノムデータを解析する上での第1ステップ)

• (MBE 2014は「組換え」に絞った別の機会に)

新規共同研究 †

• bacterial population genomics（大分大、九大、広島大（、長崎大））
• 社会歯学（福岡歯科大、九大歯学）

感染制御学講座からの依頼 †

• C型肝炎ウィルスの次世代シーケンサデータ解析
• 蓄尿環境を整備すると、どのような効果があったのかを調べるために、細菌学的に分離された分の集計

オフィスアワー †

• 火曜の11:00-12:00

     

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