To Doリスト（兼備忘録、検討中のメモ） †
急ぎの共著論文改訂 (biofilm paper) †
「ゲノム支援」申請書 †
D1の森本くんの論文の方向性 †
- "Time-Lagged Correlation Analysis" の観点から文献レビュー
D2の小向くんの申請書へのコメント †
解析用サーバーのセットアップ †
授業準備 †
- 前回の講義（大学院）の改善
- 学部生演習の50分x2コマ化への対応
M2の米澤さんのプロジェクト †
- 投稿中
3月中旬に初稿を完成 => 共同研究者に報告し、臨床面での助言・指導を頂く => 英語校正 => 投稿
ピロリ菌のゲノム解析新プロジェクト2 (epistasis) †
ピロリ菌のゲノム解析新プロジェクト1 (ancestry) †
- 大分大学、Swansea Univeristy、スウェーデンのグループとの共同研究
- 大分大学から頂いたデータを解析開始
- 2月のUK滞在中に集中的に研究を進める
菊竹さんのプロジェクト †
- 方向性、研究計画をパワーポイントにまとめる
- エピゲノムの専門家にレビューを依頼 (4月に1度東京出張? 菊竹さんとのディスカッションとあわせて)
3本の論文（進行中） †
- Relation between recombination and diversifying selection
- Comparison of recombination landscapes among the 10 bacterial species
研究助成金申請 †
- 石橋
- 民間の助成（2015年度が研究のスタート、として）
- 黒住財団
- HLA, KIRも、病原細菌のゲノムワイド関連解析のヒトへの展開に絡めて
ピロリ菌のゲノム解析新プロジェクト3 (GWAS) †
- 2/6の議論を念頭に入れておく。
- 欧州のデータが揃うのはまだ先。国内のデータ入手先を検討しておく
学会発表準備 †
喘息の肺音解析プロジェクト †
次世代シーケンサ関連 †
- exome, RNA-seq, BS-Seq, ChIP-Seq
- 癌細胞特異的なヒストン修飾の探索と、その遺伝子発現との関係
- 癌細胞特異的なDNAメチル化とヒストン修飾の組み合わせ
国立感染研からの研究協力依頼 †
- 「感染症実用化研究事業」2015年4月スタート
- JANIS検査部門データ解析 2015年4月スタート
放射線科からのデータ解析依頼 †
荒木先生とまず3/24にヒアリング- データシート整備中
ピロリ菌のメチローム解析 †
ピロリ菌のpan-genome †
九大生体防御医学研セミナー †
- 集団レベルのゲノムデータをどう生かすか：病原細菌のゲノムワイド関連解析と遺伝子フローを例に
- 集団レベルのゲノムデータ解析の走り：マイクロアレイデータ解析
- バイオ統計フォーラムのイントロ（集団レベルの全ゲノムデータ）
- human vs Modernizing medical microbiology
- オリジナルな研究を育て、国際経験を積むのを最優先課題に、病原細菌を使った研究をまずは発展。
- association mapping
- MBE 2013 (PaaboのNature, Science paperを引用して。あらゆる集団レベルのゲノムデータを解析する上での第1ステップ)
- (MBE 2014は「組換え」に絞った別の機会に)
新規共同研究 †
- bacterial population genomics（大分大、九大、広島大（、長崎大））
- 社会歯学（福岡歯科大、九大歯学）
感染制御学講座からの依頼 †
オフィスアワー †
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