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  • 101 (2015-10-05 (Mon) 18:15:57)
  • 102 (2015-10-05 (Mon) 22:06:52)
  • 103 (2015-10-06 (Tue) 13:27:46)
  • 104 (2015-10-13 (Tue) 08:09:53)
  • 105 (2015-10-21 (Wed) 14:48:55)
  • 106 (2015-11-09 (Mon) 08:38:39)
  • 107 (2015-11-09 (Mon) 18:31:51)
  • 108 (2015-11-13 (Fri) 15:10:52)
  • 109 (2015-11-19 (Thu) 11:13:24)
  • 110 (2016-01-05 (Tue) 08:54:45)
  • 111 (2016-01-18 (Mon) 17:17:20)
  • 112 (2016-01-24 (Sun) 12:13:24)
  • 113 (2016-02-01 (Mon) 15:22:28)
  • 114 (2016-02-10 (Wed) 08:23:29)
  • 115 (2017-09-28 (Thu) 10:40:25)
  • 116 (2017-09-29 (Fri) 23:32:23)
  • 117 (2017-09-30 (Sat) 18:35:13)
  • 118 (2018-04-03 (Tue) 10:43:12)
  • 119 (2021-10-14 (Thu) 09:53:52)
  • 120 (2021-11-01 (Mon) 09:24:04)

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To Doリスト（兼備忘録、検討中のメモ） †

森本くんの論文 †

• 論文化に入る

広島大・細菌学研究室「ゲノム支援」プロジェクト †

• ゲノム解読終了。解析開始。
• 採択に伴い、パイプラインの整備を始める。

国立感染研プロジェクト †

• 感染症実用化研究事業 新興・再興感染症に対する革新的医薬品等開発推進研究事業

• 薬剤耐性菌サーベイランスの強化及びゲノム解析の促進に伴う迅速検査法開発に関する研究（JANIS検査部門データ解析）

• 薬剤耐性菌サーベイランスとゲノムデータの集約・解析に関する研究

修士論文を読み、発表会に備える †

菊竹さんの論文 †

• 投稿
• 論文化中
• 他のがんでのデータ、他の正常細胞のデータとの比較
• KMT, KDMの観点から結果を説明できるか
• 癌細胞特異的なヒストン修飾の探索と、その遺伝子発現との関係
• 8月中にエピゲノムの専門家にレビューを依頼

学会発表準備 †

• 10月の井元先生のシンポ
• 10月, 11月の国際会議
• 2月末の国際会議 SMBE Satellite Workshop on Genome Evolution in Pathogen Transmission and Disease
• 3月頭の国際学会（ゲノム微生物）
• 3月末の細菌学会（教育WS）

最優先論文 (1st author) †

• Relation between recombination and diversifying selection
  • last authorの確認終了。森本くん・小向くんと共同で、投稿完了
  • サンプル数を増やして再解析中
  • reviewに基づいて改訂中。 アクセプト

• Comparison of recombination landscapes among the 10 bacterial species
  • 3人のreviewerのコメントに基づいて書き直した。last authorの確認中。
  • 再投稿前の最終確認中
  • 再投稿完了
  • reviewに基づいて改訂中。 アクセプト

• GWAS in the food-chain
  • 担当分終了。実験による検証結果待ち
  • 最終追加解析と last authorが最終方針検討中

ピロリ菌のゲノム解析新プロジェクト1 (ancestry, 1st author) †

• 論文作成開始。ほぼ担当分は一段落。last authorとやりとりしながら形にしていく。
• 定期的にskype meetingし、解析を発展。そろそろ初稿の作成に入る。
• 大分大学から頂いたデータを解析中
• 2月のUK滞在中に定めた方向性で解析を進める

家族ピロリ菌の変異解析 †

• 千葉大からの依頼。1次解析終了。
• 2次データセットにも同様の解析が必要。

ピロリ菌のゲノム解析新プロジェクト2 (epistasis, 1st author) †

• 定期的にskype meetingし、解析を発展。
• 2/6の議論に基づき、プログラムを開発中

HLA-KIR combination (研究協力者としての科研費採択) †

• まずは各大学の倫理申請

• 東北メガバンクへの申請書

• HLA statistics medicineで検索した文献

• 1000 genomesデータとの関係調査

授業準備 †

• 前回の講義（大学院）の改善

• 英語テキスト。演習問題を適宜追加。

• 学部生演習の準備

• 服部先生と。
• 50分x2コマ化

• 医学部「アカデミックリテラシー」準備

ピロリ菌日本株28株のゲノム解析の共著論文 †

• 担当箇所執筆 v1終了

放射線科からのデータ解析依頼 †

• 荒木先生とまず3/24にヒアリング
• 6/23に次回の打ち合わせ
• データシート整備中
• 解析開始一段落
• 7/18に荒木先生と打ち合わせ

Pseudomonas菌の追加解析 †

• フランス・UKのグループとの共同研究。以前の解析に追加が必要
• 1次再解析終了

ピロリ菌のメチローム解析 †

• 保留中

コレラ菌のゲノム解析新プロジェクト †

• 長崎大からの依頼。6/15の打ち合わせ完了。以後は支援に回る。

研究助成金申請 †

• 石橋
  • 科研費、recombination hot regions

• その他、民間の助成（Campy & Hp GWAS。今後の科研費に向けた実績構築を目指して）
  • 武田（申請済）
  • 黒住財団
  • 内藤

ピロリ菌のゲノム解析新プロジェクト3 (GWAS) †

• 2/6の議論を念頭に入れておく。
• 欧州のデータが揃うのはまだ先。国内のデータ入手先を検討しておく

次世代シーケンサ関連 †

• MUGQIC Pipelinesのインストール・セットアップとCLCのテスト
  • サンプルデータ・論文を再現
  • M1の人と?

• exome, RNA-seq, ChIP-Seq, BS-Seq

M2の米澤さんのプロジェクト †

• バイオ統計フォーラム、環境感染学会で発表するためのpptの用意と練習
• 投稿中 => アクセプト
• 3月中旬に初稿を完成 => 共同研究者に報告し、臨床面での助言・指導を頂く => 英語校正 => 投稿

感染制御学講座からの依頼 †

• C型肝炎ウィルスの次世代シーケンサデータ解析
• 蓄尿環境を整備すると、どのような効果があったのかを調べるために、細菌学的に分離された分の集計

ヒトゲノム疫学 †

• 理研 => 当面はpending

オフィスアワー †

• 火曜の11:00-12:00

     

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